Kaupungin ja Tampereen korkeakouluyhteisön välinen yhteistyö nähdään erityisen tärkeänä alueen kilpailukyvyn vahvistamiseksi, kansainvälisyyden tukemiseksi ja opiskelijaystävällisen kaupungin kehittämiseksi. Kaupunki ja Tampereen korkeakouluyhteisö solmivat ensimmäisen strategisen kumppanuussopimuksen vuonna 2020. Sopimus linjaa yhteistyön toiminnallisia sekä tutkimus- ja koulutusyhteistyön painopisteitä.
Osana kumppanuussopimusta kaupungille on luotu tutkimus-, kehitys-, innovaatio- ja opetusyhteistyön (TKIO) mallia. Mallin mukaisesti tarkoituksena on koota hajallaan oleva Tampereen kaupungin tutkimusrahoitus yhteen. Näin pystytään tarkastelemaan rahoituksen kokonaisuutta systemaattisemmin sekä varmistamaan rahoituksen tehokas ja tarkoituksenmukainen kohdentaminen. Osana TKIO-yhteistyötä ylläpidetään ja kehitetään jatkossakin kaupungin myöntämää tieteellistä palkitsemista, mutta tiedeapurahatoiminkunnan toiminta nykymuodossaan lakkautetaan.
Tiedetoimikunnan käyttöön vuosittain osoitetut apurahavarat kohdennetaan kaupungin ja korkeakouluyhteisön TKI-yhteistyömallin kehittämiseen ja toteuttamiseen vuoden 2025 alusta lähtien. Tiedeapurahatoimikunnan toimintaperiaatteita noudatetaan jo myönnettyjen apurahojen maksatuksen osalta ja asiamiehen tehtävää jatketaan, kunnes myönnetyt apurahat on maksettu tai enintään vuoden 2028 loppuun asti. Tiedeapurahatoimikunnan toiminnan lakkauttaminen ja varojen siirto korkeakouluyhteistyöhön ei vaikuta aikaisempina vuosina myönnettyjen apurahojen maksamiseen.
Tiedeapurahatoimikunnan lisäksi elinkeino- ja osaamislautakunta on myöntänyt vuosittain avustuksia tieteeseen ja tutkimukseen, määrärahat ovat vaihdelleet vuosittain noin 70 000–200 000 euron välillä. Kaupungin tiedeapurahatoimikunnan tehtävänä on ollut tamperelaisen tieteellisen tutkimustyön edistäminen sekä apurahojen ja palkintojen myöntäminen väitöskirjatutkimukseen. Toimikunta on myöntänyt apurahoja tutkijoille akateemisen väitöskirjatutkimuksen suorittamiseen ja julkaisemiseen sekä väitöskirjapalkintoja ansioituneille väittelijöille.